歯周病を改善させるためには、歯周病菌のかたまりであるプラーク（歯垢）や歯石を取り除くことが不可欠です。

歯周病の治療では、まず歯周基本治療（プラークコントロールやスケーリング・ルートプレーニング）により、プラークや歯石を取り除きます。

歯根表面のプラークや歯石は、歯周ポケットの中に器具を差し込み手探りでかき取りますが、深い歯周ポケットでは器具が歯石に届かなかったり、届いても正確な操作ができないため、取り除くことが困難になります。

そのため、歯周組織（歯肉や骨など）の破壊が進んだ深い歯周ポケットがあるケースでは、歯周基本治療で取りきれなかったプラークや歯石をしっかり取り除くために、歯周外科治療（フラップ手術等）を行う必要があります。

エムドゲイン法は、歯周病によって失われた歯周組織を特殊なタンパク質によって再生させる治療（歯周組織再生治療）です。

1997年にスウェーデンで臨床応用されて以来、副作用もなく安全性の高い治療法として、2009年3月現在、世界44ヶ国で使用されています。

歯肉切除術は、歯周病や歯肉増殖症などで増殖した歯肉を切除し、深い歯周ポケットを改善するために行う歯周外科手術です。

この手術により、プラークコントロールのしやすい状態にして炎症をおこした歯周組織を改善させます。

歯肉切除手術は、歯肉の位置が下がることで歯が長くなったように見え、歯根露出により歯がしみやすくなる（知覚過敏）ため、近年はあまり適用されません。

現在は、歯周病の手術としてはフラップ手術や歯周組織再生療法（エムドゲイン法、GTR法）を行うことが多いものの、症例によっては歯肉切除術が選択される場合もあります。